Ich würde in die Quelltexte von hsetroot oder fsetroot schauen. Die Programme zeichnen ja auch Bilder auf den Desktop.
Ich würde aber vorher probieren ob man bei Gnome-desktop mit diesen Programmen auf den Desktop zeichnen kann. Also Desktophandler von Gnome (Nautilus?) killen und dann versuchen. Bei Xfce(Xubuntu 12.10) ging das nicht obwohl ich xfdesktop beendet hatte. Erst beim Abmelden (XFCE beendet) sah man das Bild. Xfce erzeugt wahrscheinlich ein Vollbildfenster auf den Desktop.
Als zweite Lösung kannst du in das Dekstopfenster ein Panel plazieren und das Zeichnen. Das geht mit Windows. Panel ist dann auf gleiche Ebene wie hintergrundicons. Vielleicht geht das auch mit LInux. Versuchmal Panel1.Parent:=GetDesktopWindow.